日本植生史学会では，植生史学に関する顕著な研究業績をあげた会員，もしくは植生史学の発展・普及に貢献のあった会員に対して，奨励賞，論文賞，学会賞の表彰を行っています。また，学会主催の大会で行われた発表に対して，学会優秀発表賞の表彰を行っています。
奨励賞
植生史学の発展に将来貢献すると期待される40歳未満の会員を対象に、2年に1回審査委員会が公募による候補者から原則として1名を決定する。
● 第14回奨励賞 伊藤彩乃・真邉 彩
● 第13回奨励賞 該当者なし
● 第12回奨励賞 赤司千恵
● 第11回奨励賞 西内李佳・山本 華
● 第10回奨励賞 該当者なし
● 第9回奨励賞 該当者なし
● 第8回奨励賞 吉田明弘
● 第7回奨励賞 那須浩郎・箱崎真隆
論文賞
論文賞は，筆頭著者が会員であり，かつ過去2年分の本学会誌に掲載された優れた原著論文および総説を対象に，2年に1回審査委員会が原則として1件を決定する。
● 第7回論文賞
・Diversity of temperate flora at the Tado site, central Japan, during the last glacial stage, reconstructed from the Dr. Shigeru Miki collection
Arata Momohara, Yuichiro Kudo, Nao Miyake,Toshio Nakamura, Fuyuki Tokanai, and Minoru Tsukagoshi 第29巻第2号
● 第6回論文賞
・長野県梓川上流域における地形植生史
高岡貞夫・苅谷愛彦 第28巻第2号
・アゼルバイジャンにおけるヨモギ属（Artemisia sp.sp.）利用史
赤司千恵・門脇誠二・ファルハド＝キリエフ・西秋良宏 第28巻第2号
● 第5回論文賞
・産状と成分からみたカラスザンショウ果実の利用法について
真邉 彩・小畑弘己 第26巻第1号
・大型植物化石群から復元した北海道北部猿払川湿原群の発達過程
矢野梓水・百原 新・近藤玲介・宮入陽介・重野聖之・紀藤典夫・井上 京・横田彰宏・嵯峨山 積・横地 穣・横山祐典・冨士田裕子 第27巻第1号
● 第4回論文賞
・福井県鳥浜貝塚周辺における縄文時代草創期から前期の植生史と植物利用
吉川昌伸・吉川純子・能城修一・工藤雄一郎・佐々木由香・鈴木三男・網谷克彦・鯵本眞友 第24巻第2号, 69-82.
・Vegetation history of Japan since the last glacial based on palynological data.（花粉分析に基づいた日本における最終氷期以降の植生史）
Nobuo Ooi（大井信夫）第25巻第1・2号, 1-101.
● 第3回論文賞
・大阪湾北岸の縄文時代早期および中〜晩期の森林植生とイチイガシの出現時期
能城修一・南木睦彦・鈴木三男・千種浩・丸山潔 第22巻第2号, 57-67.
● 第2回論文賞
・植物珪酸体群集変動からみた北海道における最終間氷期以降のササの地史的動態 -ササを指標とした積雪・温量環境の推定-
佐瀬隆・細野衛・三浦英樹 第20巻第2号, 57-70.
● 第1回論文賞
・栃木県小山市寺野東遺跡から出土した縄文時代後・晩期の木組遺構の高精度年代測定
工藤雄一郎・小林謙一・江原英・中村俊夫 第17巻第1号, 13-25.
学会賞
出版物を中心に植生史学に貢献した個人または団体を対象に、4年に1回審査委員会が公募による候補者より決定する。
● 第5回学会賞 西田治文・守田益宗
● 第4回学会賞 該当者なし
● 第3回学会賞 高原 光
● 第2回学会賞 辻 誠一郎
● 第1回学会賞 鈴木三男
学会優秀発表賞
本会が主催する大会において行われた口頭発表およびポスター発表を対象に、大会毎に審査委員会が決定する。